Cuộc khởi nghĩa Yên Thế khởi nguồn tại vùng Yên Thế Thượng. Trước khi thực dân Pháp đặt chân đến vùng này, nơi đây đã là một vùng đất có một cư dân phức tạp, chủ yếu là nông dân lưu tán các loại. Họ chọn nơi đây làm nơi cư trú và đã công khai chống lại triều đình. Khi thực dân Pháp đến bình định vùng này, các toán vũ trang ở đây có thể cũng chống lại quân Pháp như đã từng chống lại triều đình nhà Nguyễn trước đó để bảo vệ miền đất tự do của họ.Và vì Yên Thế là bình địa của Pháp khi chúng mở rộng chiếm đóng Bắc Kì nên họ đã nổi dậy đấu tranh để bảo vệ cuộc sống của mình.

-Do nhu cầu tự vệ của nông dân lưu tán cư trú ở đây, nhằm giữ vững vùng đất này như là một vùng đất ngoài pháp luật, không chịu sự kiểm soát của bất kỳ chính quyền nào.

-Sự yêu nước và chống ngoại bang Pháp của nghĩa quân Yên Thế.

-Yên Thế là vùng đất phía Tây Bắc Giang, diện tích rộng cây cối rậm rạp, cây cỏ um tùm từ đấy có thể đi thông sang Tam Đảo, Thái Nguyên, Phúc Yên, Vĩnh Yên nên rất thích hợp với lối đánh du kích, dựa vào địa thế hiểm trở và công sự dã chiến, đánh nhanh và rút nhanh lại rất thuận tiện khi bị truy đuổi.

Tây Sơn là vùng đất thuộc phủ Quy Nhơn, dinh Quảng Nam, vốn là miền đất trù phú, cũng là một trong những vùng bị chính quyền họ Nguyễn (còn gọi là chúa Nguyễn) bóc lột thuế hà khắc nhất. Trong số 76.000 quan tiền thuế thu được hàng năm của các chúa Nguyễn ở 2 xứ Thuận- Quảng thì riêng xứ Quảng Nam đã chiếm hơn 40.000 quan.

Quan lại cường hào ở Quy Nhơn còn chiếm đoạt trắng trợn những ruộng đất do nông dân tự khai khẩn. Chúng biến ruộng công thành ruộng tư, biến người nông dân thành tá điền lệ thuộc để bóc lột tận cùng. Người dân miền núi như người Chàm và số dân tộc ít người khác còn bị đóng nhiều thứ thuế vô lý hơn như thuế lâm thổ sản. Lòng dân đã sớm oán thán, căm thù sự bóc lột tàn tệ của chính quyền chúa Nguyễn.

Cuộc chiến tranh Trịnh – Nguyễn kéo dài từ 1627 – 1672, nhưng không phân thắng bại, đất nước tiếp tục tình trạng bị chia cắt làm hai (Đàng Trong và Đàng Ngoài). Vào nửa đầu thế kỷ XVIII, khi Đàng Ngoài bước vào cuộc khủng hoảng suy vong, Đàng Trong vẫn giữ được tình trạng ổn định tạm thời. Bước sang nửa sau của thế kỷ XVIII, Đàng Trong cũng đi theo “vết xe đổ” chung số phận với Đàng Ngoài.

Âm mưu và tham vọng của tập đoàn phong kiến họ Nguyễn là phải biến Đàng Trong thành một quốc gia riêng, đặt dưới quyền thống trị của họ Nguyễn. Vì quyền lợi của dòng họ mình, tập đoàn phong kiến họ Nguyễn ra sức phá hủy tính thống nhất của cộng đồng dân tộc, đi ngược lại với lợi ích của nhân dân cả nước. Chính quyền họ Nguyễn ở Đàng Trong là một tập đoàn quan lại sâu mọt, ăn bám, thối nát, chủ yếu được dựng lên bởi chế độ mua quan bán tước. Theo quy định của nhà chúa: “ Năm 1725 cứ nộp 50 quan được làm tướng thần, 45 quan được làm xã trưởng”. Vì thế mà đương thời mọi người tranh nhau nộp tiền để lĩnh bằng. Đặc biệt dưới thời trị vì của Định Vương Nguyễn Phúc Thuần, thực chất mọi quyền hành đều tập trung trong tay quyền thần Trương Phúc Loan. Cuộc sống của giai cấp thống trị Đàng Trong lại đài các xa hoa, đua nhau hưởng lạc trên mồ hôi nước mắt của nhân dân, làm cho cuộc sống của nhân dân ngày càng cơ cực, dẫn tới phong trào nông dân bùng nổ mạnh mẽ, quyết liệt, liên tục và rộng khắp.