Có rất nhiều nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn lợi hải sản :

- Nguyên nhân tự nhiên:

 + Do sự phun trào nham thạch của núi lửa dưới lòng biển cũng gây nên hiện tượng các loài sinh vật bị chết hàng loạt. Khiến nguồn nước bị thay đổi theo chiều hướng tiêu cực
  + Do sự bào mòn hay sạt lở núi đồi.
   + Do sự phun trào của núi lửa làm bụi khói bốc lên cao theo nước mưa rơi xuống đất.

- Nguyên nhân do con người:

 + Chất thải sinh hoạt, nước thải công nghiệp, nông nghiệp,… Chưa được xử lý từ các khu đô thị hay các nhà máy sản xuất công nghiệp đổ ra sông. Rồi theo dòng chảy ra biển gây là nguyên nhân ô nhiễm nặng nề.
  + việc vứt rác thải bừa bãi, thiếu văn hóa từ hoạt động du lịch. Đây chính là nguyên nhân gây nên hậu quả ô nhiễm môi trường biển nghiêm trọng.
   + Việc khai thác dầu cũng là nguyên nhân khiến nước biển bị ô nhiễm. Ngoài ra, các sự cố tràn dầu cũng sẽ nước biển nhiễm một số chất độc hại.

Có rất nhiều nguyên nhân nhưng nguyên nhân chính là : chất thải từ các nhà máy, xí nghiệp thải ra sông, biển và người dân mang các chất thải ra vút ở sông như: rác, xác động vật chết,.......