Ngoài ra, vẫn còn những vấn đề bất cập trong điều hành vĩ mô, đó là: Thứ nhất, một số văn bản pháp luật chậm được ban hành, sửa đổi, bổ sung nên chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển của ngành nông nghiệp. Các chính sách để giải quyết tình trạng ô nhiễm môi trường, biến đổi khí hậu, nước biển dâng, xâm nhập mặn chưa đồng bộ, chưa đầy đủ; chưa có cơ chế, chính sách cụ thể để hỗ trợ doanh nghiệp xây dựng, đào tạo và duy trì đội ngũ cán bộ kỹ thuật. Thứ hai, cơ cấu sản xuất nông nghiệp và kinh tế nông thôn ở nhiều nơi chuyển dịch chậm; ngành, nghề, dịch vụ ở nông thôn phát triển chưa tương xứng với tiềm năng; cơ cấu lao động nông thôn chiếm tỷ lệ lớn là lao động thuần nông. Thứ ba, năng suất, chất lượng và khả năng cạnh tranh của một số nông phẩm còn thấp. Việc nghiên cứu, ứng dụng khoa học, công nghệ vào sản xuất nông nghiệp, cũng như kinh phí đầu tư cho khoa học, công nghệ trong lĩnh vực này vẫn còn hạn chế. Thứ tư, chất lượng quy hoạch chưa thực sự hợp lý, thiếu sự liên kết, thống nhất giữa các loại quy hoạch, chưa gắn kết chặt chẽ với nguồn lực thực hiện. Do đó, nguồn lực đầu tư cho nông nghiệp, nông dân, nông thôn chưa đáp ứng được nhu cầu. Thứ năm, việc triển khai thực hiện các mô hình “Cánh đồng mẫu lớn”, “Chuỗi sản xuất, thương mại, chế biến và phân phối sản phẩm khép kín”, “Nông dân góp cổ phần với doanh nghiệp bằng giá trị quyền sử dụng đất”, “Các hợp tác xã, tổ hợp tác kiểu mới, mô hình liên kết theo hợp đồng”, “Doanh nghiệp công nghệ cao trong nông nghiệp” được đánh giá là những nhân tố mới. Tuy nhiên, còn nhiều vấn đề cần được tiếp tục hoàn thiện, giải quyết, như mối liên kết giữa doanh nghiệp và người dân chưa thật sự chặt chẽ; việc chuyển đổi sản xuất hàng hóa quy mô lớn còn gặp nhiều khó khăn, ở cả đầu vào lẫn khâu tiêu thụ. Các mô hình hợp tác xã, tổ hợp tác khó tiếp cận các chính sách của Nhà nước, nhất là các chính sách ưu đãi về tín dụng, đầu tư kết cấu hạ tầng, ưu đãi đất đai...