Sau khi chiếm được Quy Nhơn (tháng 6 - 1801), Nguyễn Ánh đánh thẳng ra Phú Xuân. Nguyễn Quang Toàn phải chạy ra Bắc Hà. Khoảng giữa năm 1802, Nguyên Ánh huy động nhiều cánh quân thuỷ - bộ đồng thời tiến ra Bắc. Quân của Nguyễn Ánh lần lượt đánh chiếm vùng đất từ Quảng Trị đến Nam Định rồi tiến thẳng về Thăng Long. Nguyễn Quang Toản vượt sông Nhị chạy lên mạn Bắc Giang thì bị bắt, chấm dứt triều Tây Sơn. Năm 1802, Nguyễn Anh đặt niên hiệu Gia Long, chọn Phú Xuân làm kinh đô, lập ra triều Nguyễn ; năm 1806, lên ngôi Hoàng đế. 

Công lao của nhà Nguyễn: Mở mang bờ cõi, thống nhất đất nước, khai phá đồng bằng sông Cửu Long. Năm 1757 chúa Nguyễn đã định hình được lãnh thổ VN mà về cơ bản gần giống như lãnh thổ VN hiện nay từ phía Bắc vào Cà Mau, từ Tây nguyên ra biển, bao gồm cả vùng biển, các đảo ven bờ và hai quần đảo Hoàng Sa - Trường Sa. Nhà Nguyễn có công rất lớn trong việc hình thành và định hình một nhà nước thống nhất và xác lập lãnh thổ - không gian sinh tồn của nước VN.