Thời vua Lê Thánh Tông đổi chia 5 đạo thành 13 đạo thừa tuyên, thay chức An phủ sứ đứng đầu ở mỗi đạo bằng 3 ti phụ trách ba mặt hoạt động khác nhau ở mỗi đạo thừa tuyên. Dưới đạo thừa tuyên có phủ, châu, huyện, xã, thôn.

Bộ máy chính quyền phong kiến thời Lê Thánh Tông thì được các nhà nghiên cứu đánh giá là hoàn chỉnh nhất. Đứng đầu triều đình là Hoàng đế, thứ dưới là hệ thống quan liêu chặt chẽ. Để tập trung quyền lực vào Hoàng đế, Lê Thánh Tông bãi bỏ một số chức vụ cao cấp nhất như Tướng quốc, Đại tổng quản, Đại hành khiển... Hoàng đế trực tiếp nắm mọi quyền hành kể cả chức tổng chỉ huy quân đội.

Dưới thời Lê Thánh Tông, các quan chỉ được làm việc tối đa đến tuổi 65 và ông bãi bỏ luật cha truyền con nối cho các gia đình có công – công thần. Ông tôn trọng việc chọn quan phải là người có tài và có đức.