Để sử dụng hợp lí và cải tạo tự nhiên ở ĐBSCL cần phải giải quyết những vấn đề sau :

- Vấn đề sử dụng đất: đất là tài nguyên quan trọng hàng đầu của ĐBSCL nhưng diện tích đất phù sa ngọt chỉ chiếm 30%, còn lại là đất phèn và đất mặn, cùng với sự thiếu nước trong mùa khô, nước mặn xâm nhập vào đất liền đã làm tăng độ chua và độ mặn trong đất

⟹ sử dụng và cải tạo đất phù hợp.

- Vấn đề nước ngọt: ĐBSCL có mùa khô kéo dài từ tháng 12 đến tháng 4 năm sau. Vì thế, nước mặn xâm nhập vào đất liền làm thiếu nước ngọt trong mùa khô.

- Hạn chế tác hại của lũ trong mùa mưa. Lũ lớn gây ngập lụt trên diện tích rộng với thời gian kéo dài có tác động tiêu cực đối với các hoạt động kinh tế - xã hội.

- Vấn đề trồng rừng: rừng là nhân tố quan trọng nhất để đảm bảo cân bằng sinh thái, vì thế rừng cần được bảo vệ và phát triển, đặc biệt là rừng ngập mặn.

- Việc sử dụng và cải tạo tự nhiên ở ĐBSCL không tách khỏi hoạt động kinh tế của con người. Điều đó đòi hỏi phải chuyển đổi cơ cấu kinh tế, đẩy mạnh trồng cây công nghiệp,