Tuy nhiên, ở nội thành Vĩnh Yên lúc này bọn Đại Việt quốc dân đảng nổi dậy lập chính quyền phản động. Do đó, thị xã Vĩnh Yên chưa có chính quyền cách mạng. Bọn Đại Việt quốc dân đảng tiến hành liên tiếp các cuộc lùng bắt và giam cầm những người theo Việt Minh. Tăng cường bắt lính, tuyên truyền xuyên tạc cách mạng; dung túng bọn phản động, bọn tư sản, địa chủ, việt gian chỉ điểm nổi dậy chống phá cách mạng làm cho tình hình thị xã sau khởi nghĩa rất nghiêm trọng. Trong khi đó, nhân dân thị xã ảnh hưởng của nạn đói, ngập lụt, kinh tế đình đốn, tệ nạn xã hội tăng nhanh. Đây cũng chính là thời kỳ khó khăn nhất của nhân dân Vĩnh Yên. Quân Tưởng đóng ở thị xã sách nhiễu đủ điều, tiếp tay cho bọn phản động quyết liệt chống phá cách mạng. Bộ phận dân chủ Đảng lúc này bộc lộ rõ tính chất 2 mặt. Họ ra sức tổ chức củng cố đảng, lôi kéo quần chúng mưu tính thành lập chính phủ riêng. Trong lúc này, thực dân Pháp trở lại xâm lược nước ta lần nữa. Như vậy, chúng ta đứng trước tình thế: Nạn đói, thù trong giặc ngoài. Trong khi đó, chính quyền lại chưa được thành lập. Đó chính là hoàn cảnh đặc biệt của Vĩnh Yên so với các  huyện khác trong tỉnh sau khởi nghĩa.