Tháng 6 năm 2006, Nguyễn Tấn Dũng lên thay Phan Văn Khải làm Thủ tướng. Theo BBC, Chính phủ của Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng bị cáo buộc đã không quyết liệt với nạn tham nhũng phổ biến gây nên sự sụp đổ của một loạt tập đoàn lớn như Vinashin ^[46]. Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã mắc các sai phạm trong quản lý các vấn đề kinh tế^[47], đã bị đề nghị kỷ luật Hội nghị 6 Trung ương đảng khóa XI tháng 10 năm 2012. Bản thân lãnh đạo Đảng Cộng sản cũng nhận lỗi và thừa nhận các vấn đề của nền kinh tế Việt Nam là do sai lầm trong hoạch định chính sách kinh tế, mà đại diện là Bộ Chính trị^[48]. Ông Dũng trong Kỳ họp thứ tư, Quốc hội khóa XIII đã thừa nhận các sai lầm trong quản lý kinh tế đã dẫn tới các vấn đề nghiêm trọng của nền Kinh tế Việt Nam^[49][50].

Ông Dũng ký quyết định thành lập mới một loạt các tập đoàn kinh tế nhà nước lớn, như Tập đoàn Dầu khí Việt Nam, (29/8/2006), Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam (30/10/2006)... (trước đó chỉ là các Tổng công ty), đồng thời ông Dũng trực tiếp chịu trách nhiệm và quyền hạn liên quan, thay vì các Bộ như trước kia^[51]. Trong số 40 tập đoàn, có 2 tập đoàn do sai lầm trong quản lý nên lâm vào khủng hoảng, gây lãng phí rất lớn^[52][53], 5 tập đoàn nhà nước đầu ngành bị lỗ (2 tập đoàn lỗ trên 1.000 nghìn tỷ), 5 tập đoàn có nợ phải thu khó đòi hàng trăm tỷ tính tới cuối năm 2012 ^[54].