Do địa thế và lãnh thổ trải dài 25 độ vĩ tuyến, khí hậu của Nhật Bản cũng phức tạp. Tại miền bắc của đảo Hokkaido, mùa hèngắn nhất, mùa đông dài với tuyết rơi nhiều; trong khi đó, mùa xuân tới trước tiên với hoa Anh Đào, một sự kiện rất quan trọng đối với người Nhật Bản. Vào cuối tháng 3, hoa Anh Đào bắt đầu nở trên đảo Kyushu và nở dần lên tới phía bắc của đảo Hokkaido vào tuần lễ thứ hai của tháng 5. Mùa hoa Anh Đào là mùa tốt đẹp nhất để du khách viếng thăm Nhật Bản. Sau khi hoa đã tàn là các trận mưa thất thường trước khi mùa mưa (tsuyu) đến và kéo dài trong hai tháng.

Mùa hè tại Nhật Bản bắt đầu từ tháng 6 tới tháng 8 với các luồng khí từ Thái Bình Dương thổi tới, làm cho phần lớn lãnh thổ Nhật Bản nóng và ẩm. Đầu mùa hè cũng có các trận mưa, bắt đầu từ miền nam và lâu vài tuần lễ rồi chuyển dần lên mạn bắc. Độ nóng của mùa hè cao nhất vào tháng 8 với thời tiết ngột ngạt, rất khó chịu, khiến cho nhiều người trốn sức nóng mà chạy lên miền núi mát mẻ hơn. Vào cuối mùa hè, Nhật Bản gặp khoảng 3 tới 4 trận cuồng phong lớn vào tháng 9 và các trận nhỏ vào tháng 8. Tại miền nam và tại miền bờ biển Thái Bình Dương, nhiều trận gió mạnh làm đổ nhà cửa, lật úp tàu thuyền. Nhật Bản còn chịu ảnh hưởng của gió mùa, chịu các trận sóng thần (tsunami) do các vụ động đất ngầm dưới đáy biển. Tới tháng 10 và tháng 11, thời tiết trở nên dịu đi, lá cây bắt đầu đổi màu, đây cũng là thời gian tốt đẹp cho khách du lịch.

Mùa hè và mùa đông tại Nhật Bản là hai thái cực trong khi mùa xuân và mùa thu có thời tiết tương đối dịu hơn, với ít mưa và các ngày quang đãng. Thủ đô Tokyo của Nhật Bản nằm trên cùng vĩ độ với các thành phố Athena của Hy Lạp, Tehran của Iran và Los Angeles của Hoa Kỳ. Vào mùa đông tại Tokyo, trời lạnh vừa với độ ẩm thấp và đôi khi có tuyết, trái với mùa hè có nhiệt độ và độ ẩm cao