- Năm 1906, ông cùng một nhóm sĩ phu đất Quảng như Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp, Ngô Đức Kế mở cuộc vận động Duy tân ở Trung kỳ:

+ Về kinh tế: Chú ý cổ động thực nghiệp, lập hội kinh doanh. Phát triển nghề thủ công, làm vườn, lập “nông hội”,...

+ Về giáo dục: mở trường dạy theo kiểu mới để nâng cao dân trí, dạy chữ Quốc ngữ, các môn học mới thay thế cho Tứ thư, Ngũ kinh của Nho học…

+ Về văn hóa: vận động cải cách trang phục và lối sống: cắt tóc ngắn, ăn mặc “Âu hóa”, bài trừ mê tín dị đoan và các hủ tục phong kiến,...

=> Tư tưởng Duy tân khi đi vào quần chúng đã vượt qua khuôn khổ ôn hòa, biến thành cuộc đấu tranh quyết liệt, điển hình là phong trào chống Thuế ở Trung kì (1908).

- Năm 1908, sau phong trào chống thuế ở Trung kì, Pháp đàn áp dữ dội, Phan Châu Trinh bị án tù 3 năm ở Côn Đảo.

- Năm 1911, chính quyền thực dân đưa Phan Châu Trinh sang Pháp.

=> Phan Châu Trinh là nhà cách mạng tiêu biểu cho khuynh hướng cải cách ở Việt Nam đầu thế kỷ XX.

=> Cuộc vận động Duy tân là một cuộc vận động yêu nước có nội dung chủ yếu là cải cách về văn hóa - xã hội, gắn liền với giáo dục lòng yêu nước, đấu tranh cho dân tộc thoát khỏi ách thống trị ngoại xâm.