Tại thời điểm đó, tầng lớp samurai bị mất uy tín và danh tiếng của mình đã từ chối đến mức bị bức hại và dập tắt, shogun đã vùng đất và quyền lực của mình thực hiện trên của Hoàng đế và cuối cùng, sau sáu thế kỷ, một chính phủ dân sự đã được phục hồi.

                                -Thời kỳ Tokugawa (1600 – 1868)(1) là giai đoạn phát triển cuối cùng và cao nhất của chế độ phong kiến Nhật Bản. Diễn trình của giai đoạn lịch sử này hết sức đa dạng và phức tạp. Đó vừa là thời kỳ mà chính quyền trung ương đạt được sự quản chế tương đối thống nhất bao trùm toàn bộ lãnh thổ vừa là thời kỳ trỗi dậy của các công quốc (han) tập trung ở vùng tây nam. Đó vừa là thời kỳ mà cơ sở kinh tế của đất nước vẫn chủ yếu dựa vào sản xuất nông nghiệp tự nhiên vừa có sự dung dưỡng những nhân tố phát triển của kinh tế hàng hoá, giao lưu giữa các trung tâm thương mại trong nước và quốc tế. Đó vừa là thời kỳ chính quyền trung ương cố gắng duy trì trật tự xã hội bằng hệ thống giáo lý Nho giáo, đề cao Shinto giáo, lạnh nhạt với Phật giáo, từng bước chống lại Cơ Đốc giáo vừa là thời kỳ xuất hiện những khuynh hướng tư tưởng đồng thời là trường phái học thuật mới, tác động đến nhiều đẳng cấp trong xã hội như: Quốc học, Khai quốc học, Hà Lan học v.v…

                       - Thời kỳ Tokugawa, không giống các Mạc phủ trước đó, được cho là lấy nền tảng từ hệ thống đẳng cấp cha truyền con nối nghiêm ngặt ban đầu do Toyotomi Hideyoshi thiết lập. Tầng lớp chiến binh samurai (sĩ) là tầng lớp cao quý nhất, tiếp theo là nông dân (nông), thợ thủ công (công) và thương nhân (thương). Bản chất cứng nhắc của hệ thống đẳng cấp đã tạo ra trở lực đáng kể cho thời kỳ này. Thuế đối với nông dân luôn được giữ ở một mức cố định mà không tính tới lạm phát hay việc thay đổi tỷ giá tiền tệ. Kết quả là, tổng số thuế mà các samurai chúa đất thu được ngày càng giảm sút. Điều này cũng dẫn đến sự hàng loạt cuộc đối đầu giữa quý tộc và các samurai nghèo đói với những người nông dân giàu có, từ các cuộc va chạm lẻ tẻ ở địa phương đến những cuộc nổi loạn lớn. Tuy vậy, không có cuộc nổi dậy nào đủ mạnh để có thể thách thức thể chế đã được thiết lập, cho đến khi ngoại binh xuất hiện.

                      -  Cho đến cuối thế kỷ 19, liên minh giữa vài lãnh chúa đại danh hùng mạnh với vị Thiên hoàng trên danh nghĩa cuối cùng đã lật đổ được Mạc phủ sau chiến tranh Mậu Thìn, với đỉnh cao là cuộc Minh Trị Duy Tân. Mạc phủ Tokugawa chính thức chấm dứt năm 1868, với sự thoái vị của Tướng quân thứ 15 của nhà Tokugawa, Tokugawa Yoshinobu và "sự khôi phục" của Hoàng quyền (Ōsei fukko).