Ngành trồng lúa đồng bằng sông Cửu Long hiện nay gặp những khó khăn:

- Đất phèn, đất mặn chiếm diện tích lớn (khỏang 60 % diện tích của đồng bằng), phải đầu tư lớn và mất nhiều thời gian để cải tạo.

- Mùa khô sâu sắc và kéo dài (từ tháng XI đến tháng IV), thiếu nước ngọt cho sản xuất và sinh hoạt, nạn xâm nhập mặn gây nhiều trở ngại đối với đời sống và sản xuất ở các vùng ven biển.

- Lũ lụt hàng năm diễn ra trên diện rộng gây ra nhiều thiệt hại.

Biện pháp:

-Cải tạo đất phèn , đất mặn .

-Thoát lũ , cấp nước ngọt cho mùa khô 
 - Xây dựng và củng cố hệ thống đê
-Khai thác lợi thế do lũ mang lại

- Trồng và bảo vệ rừng phòng hộ đầu nguồn.

-  Xây dựng hồ chứa điều tiết lũ ở khu vực thường xảy ra lũ quét

Do vùng ĐBSCL hay bị lũ lụt và hạn hán nên nghành trồng lúa còn gặp nhiều vấn đề khó khăn đối với chống lũ lụt ta nên đắp đê chống lũ, vận động mọi người trồng thật nhiều cây để chặn đc phần nào nc lũ đối với việc hạn hán ta nên tích trữ nước ngọt cho mùa hạn vì trg mùa hạn phần lớn lượng nước trong sông hoặc hồ là nước mặn