Cuộc khởi nghĩ Yên Thế tồn tại lâu hơn bất kì cuộc khởi nghĩa nào trong phong trào Cần Vương vì :

- Nghĩa quân gắn bó với nhân dân
- Lãnh đạo giỏi và tài ba , xuất thân là nông dân nên ít chịu ảnh hưởng của tư tưởng phong kiến bấy giờ
- Thành phần tham gia khá đông, chủ yếu là nhân dân
- Quy mô khá rộng.
- Sức chiến đấu bền bỉ, bất khuất

- Địa hình đồi núi , có lợi cho nghĩa quân ta 

- Khởi nghĩa Yên Thế không chịu sự chi phối của tư tưởng “Cần vương”

- Phong trào đấu tranh tự phát của nông dân để tự vệ, bảo vệ quyền lợi thiết thân, giữ đất giữ làng.

- Nghĩa quân đã chiến đấu rất quyết liệt, buộc kẻ thù hai lần phải giảng hòa và nhượng bộ một số điều kiện có lợi cho ta.

- Đặc biệt trong thời kì đình chiến lần thứ hai, nghĩa quân Yên Thế còn liên lạc với các nghĩa sĩ yêu nước theo xu hướng mới như Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh.