Năm 1532, Nguyễn Kim tôn con của Lê Chiêu Tông lên làm vua (Lê Trang Tông), đóng ở Thanh Hóa, nhiều quan lại của cũ của nhà Lê cũng theo về phò tá tạo nên một triều đình mới đối lập với nhà Mạc ở phía bắc. Đại Việt lúc đó vì thế có hai triều đình ở hai miền nam, bắc.

        Sau khi Nguyễn Kim chết (1546), vua Lê phong con rể Nguyễn Kim là Trịnh Kiểm lên thay. Trịnh Kiểm tiến hành lọai trừ phe cánh của Nguyễn Kim để tập trung quyền lực vào tay mình. Các con của Nguyễn Kim, Nguyễn Uông bị bắt giết, Nguyễn Hoàng lo sợ nên tìm cách lánh bằng cách xin trấn giữ ở vùng Thuận Hóa. Trịnh Kiểm thuận ý cho vào. Họ Nguyễn vào vùng đó ngấm ngầm có ý lập nên “vương quốc” riêng của mình chống lại họ Trịnh nhưng bên ngoài vẫn tỏ về thuần phục, giúp họ trịnh chống họ Mạc.

        Năm 1570, Trịnh Kiểm chết. Trịnh Tùng thay.

        Năm 1592, Trịnh Tùng đem quân đánh bại nhà Mạc ở Thăng Long, thống nhất đất nước, nhà Lê khôi phục, vua Lê bấy giờ là Lê Thế Tông. Tuy nhiên vua Lê chỉ là cái bóng. Họ Trịnh lập ra vương phủ riêng tồn tại bên cạnh triều đình vua Lê. Quyền lực nằm cả trong tay họ Trịnh.

        Năm 1613, Nguyễn Hoàng ở phía Nam chết. Con là Nguyễn Phúc Nguyên vâng lời cha “dạy bảo nhân dân, luyện tập binh sĩ kháng cự lại họ Trịnh” để “xây dựng cơ nghiệp muôn đời”.

        Năm 1627, lấy cớ Nguyễn Phúc Nguyên không chịu nộp thuế, họ Trịnh đem quân vào đánh. Cuộc chiến giữa hai họ bắt đầu từ đó. Đại Việt bị chia cắt thành hai “đàng” lấy sông Gianh làm ranh giới. Đàng Ngoài tính từ  bờ bắc sông Gianh trở ra bắc, Đàng Trong từ bờ nam sông Gianh trở vào nam. Ranh giới này tồn tại suốt gần 300 năm cho đến khi Nguyễn Huệ thống nhất vào năm 1786.