Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia cho biết, ngay từ giữa năm 2019, mực nước thượng lưu sông Mê Kông ở mức thấp hơn trung bình nhiều năm từ 2,5m đến 5,0m, ở trung và hạ lưu thấp hơn từ 2,5m đến 3,5m. Tổng lượng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Kông về Đồng bằng sông Cửu Long tại trạm Kratie (Campuchia) thấp hơn trung bình nhiều năm cùng kỳ 48%, tương đương năm 2010, đây là năm thiếu hụt kỷ lục.

Theo nhận định của các chuyên gia khí tượng thủy văn, năm nay hiện tượng El Nino trở lại khu vực, lượng nước mưa khá thấp. Tiếp đó là chuỗi các đập thủy điện ở thượng nguồn đều đồng loạt tích nước vào hồ chứa, lượng nước xả về hạ lưu rất ít. Nếu các tỉnh đầu nguồn khu vực Đồng bằng sông Cửu Long tiếp tục chạy theo làm lúa vụ 3 (vụ thu đông) sẽ làm các vùng ven biển khan hiếm nước hơn. Theo đó, nước mặn sẽ theo thủy triều lấn sâu hơn vào đất liền và có nhiều nguy cơ nhiễm mặn cả những vùng nước ngọt trước đây như TP. Cần Thơ, tỉnh Vĩnh Long và sẽ mở rộng ra các tỉnh còn lại.