Nguyên Huệ lãnh đạo cuộc kháng chiến chống quân Xiêm (1784 - 1785) Tức là vào giai đoạn mà Tây Sơn mới làm chủ được vùng lãnh thổ phía nam Tổ quốc, sự câu kết giữa quân xâm lược Xiêm với quân bán nước Nguyễn Ánh làm cho so sánh lực lượng có lợi cho địch và bất lợi cho nghĩa quân. Trước sức tiến công mãnh liệt của 5 vạn quân Xiêm, quân ta đã thực hiện phương thức vừa đánh chặn, vừa rút lui, vừa tiêu hao và làm chậm bước tiến của địch, vừa bảo toàn lực lượng của mình. Cuộc lui quân chiến lược này đã tạo ra thời gian cần thiết khiến kẻ thù lộ rõ bản chất, bộc lộ rõ mạnh yếu, tạo điều kiện cho sự chuyển hóa thế trận theo chiều hướng có lợi để di quân phản công chiến lược. Nghĩa quân Tây Sơn thực hành phản công, tiến công khi quân Xiêm đang trong thế tiến công, tuy về chính trị, thế của chúng đang mất dần. Chính vì vậy mà quân Xiêm không ngờ được Nguyễn Huệ sẽ quyết chiến với chúng ở ngay trên sông Tiền Giang, khi ông vừa hành quân từ Quy Nhơn vào. Nguyễn Huệ chọn đoạn sông Tiền từ Rạch Gầm đến Xoài Mút làm địa bàn tác chiến chiến lược. Đó là nơi rất thuận lợi cho việc ém quân, giấu pháo, đồng thời tiện cho việc cơ động lực lượng tiêu diệt địch khi chúng dấn thân vào trận địa phục kích. Không chỉ sáng suốt trong lựa chọn địa bàn tác chiến, Nguyễn Huệ và nghĩa quân còn giỏi trong nghi binh, tạo thời cơ và chọn thời điểm tiến công thích hợp. Thoạt đầu, Nguyễn Huệ mở một vài trận tập kích nhỏ, vừa để thăm dò, vừa khiến cho quân giặc tưởng lầm rằng lực lượng của Tây Sơn nhỏ yếu mà thêm chủ quan. Nguyễn Huệ lại giả vờ sai sứ sang điều đình ngừng chiến với Chiêu Tăng và Chiêu Sương và giả vờ xin hàng phục chúng, vừa để kích động thêm sự chủ quan vừa gây thêm mâu thuẫn giữa tướng Xiêm với bọn Nguyễn Ánh. Vào đêm 18 rạng ngày 19/01, khi địch tấn công, một số thuyền quân Tây Sơn ra đánh chặn rồi giả thua, rút dần về phía Rạch Gầm - Xoài Mút nhằm dụ địch vào trận địa mai phục. Quân Xiêm tưởng ta yếu, thúc quân đuổi theo và trúng kế của Nguyễn Huệ. Thời điểm tác chiến lúc đó cũng đúng vào giai đoạn nước triều bắt đầu lên, càng tạo thêm thế mạnh cho sự tiến công của quân Tây Sơn. Do đó hiệu quả chiến đấu càng cao hơn.

Trận Rạch Gầm - Xoài Mút năm 1785 là một trong các trận thủy chiến mang lại chiến thắng lừng lẫy trên sông nước trong lịch sử chống ngoại xâm của dân tộc. Bằng tài thao lược, Nguyễn Huệ đã vận dụng sáng tạo, hiệu quả các biện pháp và thủ đoạn tác chiến, giải quyết một cách mẫu mực vấn đề nghệ thuật quân sự, đánh bại cuộc tấn công quy mô lớn của quân Xiêm.