Suốt trong ba thế kỷ, từ thế kỷ XVII đến đầu thế kỷ XIX, một tổ chức của Nhà nước Việt Nam, Đội Hoàng Sa, là bằng chứng hùng hồn về sự xác lập và thực thi chủ quyền của Đại Việt ở Đàng Trong đối với Hoàng Sa. Đội Hoàng Sa ra đời ở Cửa biển Sa Kỳ và Cù Lao Ré thuộc tỉnh Quảng Ngãi.

      Sử sách Việt Nam và của cả Trung Quốc đều chép Đội Hoàng Sa được thành lập vào đầu thời chúa Nguyễn. Hải ngoại kỷ sự (Trung Quốc) viết năm 1696, chép thời Quốc Vương trước đã có những hoạt động của đội “Hoàng Sa” và Phủ Biên tạp lục (Lê Quý Đôn) viết năm 1776, chép “Tiền Nguyễn Thị”. Đại Nam thực lục tiền biên (1821) chép “Quốc sơ trí Hoàng Sa”. Thiên Nam tứ chí lộ đồ thư (năm 1686), đã đề cập đến các hoạt động của Đội Hoàng Sa. Phủ biên tạp lục cũng như các tài liệu khác đều cho biết Đội Hoàng Sa khi trở về đất liền vào tháng tám âm lịch vào cửa Eo hay Tư Hiền rồi nộp sản vật tại chính dinh ở Phú Xuân. Thời chúa Nguyễn Phúc Lan mới bắt đầu dời chính dinh đến Kim Long vào năm Dương Hoà thứ nhất (1635) và thời chúa Nguyễn Phúc Tần mới dời qua Phú Xuân.