Tuy tốc độ đô thị hoá ngày càng nhanh nhưng trình độ đô thị hoá còn thấp do còn nhiều bất cập và hệ quả chưa có biện pháp được xử lý triệt để : 

_Đô thị hóa không đồng đều giữa các vùng, miền; tỷ lệ đô thị hóa còn thấp

_Quá trình đô thị hóa phát triển theo chiều rộng là chủ yếu với mật độ thấp và phân tán, gây lãng phí về đất đai, hạn chế tích tụ kinh tế. Quá trình đô thị hóa chưa đồng bộ và gắn kết chặt chẽ với công nghiệp hóa, hiện đại hóa, xây dựng nông thôn mới. Hệ thống hạ tầng đô thị chưa đáp ứng yêu cầu của quá trình đô thị hóa và phát triển đô thị, tính liên kết còn yếu, chưa bảo đảm thích ứng với biến đổi khí hậu, nước biển dâng và có dấu hiệu quá tải tại các đô thị lớn. Ô nhiễm môi trường tại các đô thị lớn ngày càng gia tăng và diễn biến nghiêm trọng.

Đặc biệt, phát triển kinh tế đô thị còn phân tán, thiếu kết nối, tính kinh tế nhờ tích tụ yếu, hiệu quả còn thấp. Quản lý đô thị còn nhiều bất cập, năng lực, trình độ quản lý đô thị tại địa phương còn thấp, chậm đổi mới.

Thị trường bất động sản chưa được kiểm soát có hiệu quả, chưa gắn với chiến lược phát triển nhà ở một cách hài hòa, hợp lý; phát triển nhà ở cho người nghèo, nhà ở cho người có thu nhập thấp và các đối tượng chính sách còn nhiều hạn chế, chưa được quan tâm đúng mức...