Một giống lúa tốt sau khi gieo liên tục được một thời gian bị giảm năng suất là do hiện tượng thoái hóa giống. Nguyên nhân dẫn đến sự thoái hóa giống cây trồng là do: 1. Giống bị lẫn tạp do yếu tố cơ giới gây nên (nguyên nhân chủ yếu): khi thu hoạch, khâu tuốt nhai lúa mà không chú ý đến khâu phơi khô, rê sạch, làm sạch máy móc; không làm sạch sân phơi, bao bì không sạch, gieo sạ còn bị lẫn, nền cũ còn lúa ma,... 2. Do quá trình thụ phấn chéo của cây lúa. Hoa lúa là loại hoa tự thụ song quá trình thụ phấn chéo, phấn lạ bay tới nó cũng được thụ phấn, chính vì vậy mà quy trình sản xuất giống lúa nguyên chủng và siêu nguyên chủng phải cách ly giữa các giống ít nhất phải được 5-10m. Hiện tượng này chiếm từ 2-5% tùy từng giống và điều kiện thời tiết, xảy ra nghiêm trọng nhất khi cây lúa trỗ tung phấn gặp điều kiện gió lớn. 3. Quá trình canh tác không phù hợp cho giống: bón phân không cân đối, các giống lúa bị nhiễm sâu bệnh, điều kiện thời tiết không phù hợp. 4. Do điều kiện bất lợi về khí hậu thời tiết gây ra cụ thể như: quá khô hạn, ngập lụt kéo dài, nhiệt độ cao, bức xạ chiếu sáng lớn, sấm sét..., gây ra sự đột biến cấu trúc của gene làm giống phân ly ra nhiều dạng hình, nhiều tầng giống dẫn đến năng suất giảm.