Xét  riềng từng tính trạng ở $F2$:

Quả đỏ : quả vàng $=3:1$ ⇒$F1:Aa×Aa$ , quả đỏ trội hoàn toàn so với quả vàng

Chín sớm : chín muộn $=3:1$ ⇒$F1:Bb×Bb$ , Chín sớm trội hoàn toàn so vưới chín muộn 

Tỉ lệ KH thu được ở $F2$: $9:3:3:1=(3:1)(3:1)$ ⇒Các tính tạng di truyền phân li độc lập

Quy ươc: $A$: quả đỏ    $a$: quả vàng

                $B$: chín sớm   $b$:chín muộn

$F1$ đồng tính ⇒$P$ thuần chủng

Cà chua quả đỏ, chín sớm thuần chủng có KG $AABB$

Cà chua quả vàng chín muộn có KG $aabb$

Sơ đồ lai:

$P:$   $AABB$    ×    $aabb$

$Gp:$ $AB$                $ab$

$F1:AaBb$ ($100$% quả đỏ chín sớm)

$F1×F1$:   $AaBb$    ×     $AaBb$

$G_{F1}:$ $AB,Ab,aB,ab$   $AB,Ab,aB,ab$

$F2:1AABB:2AABb:2AaBB:4AaBb:1AAbb:2Aabb:1aaBB:2aaBb:1aabb$

KH: $9$ quả đỏ chín sớm: $3$ quả đỏ chín muộn: $3$ quả vàng chín sớm : $1$ quả vàng chín muộn