Độ mặn lớn nhất thường xuất hiện chủ yếu vào tháng 4 hoặc tháng 5 do ảnh hưởng của thủy triều ở biển Đông, biển Tây hoặc cả hai. Ngoài ra, do lưu lượng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Công đổ về ít cũng là nhân tố chính ảnh hưởng đến tình hình xâm nhập mặn ở vùng cửa sông ven biển của ĐBSCL, trong đó thủy triều là nhân tố động lực, mang nước biển kèm theo độ mặn đi sâu vào nội đồng, trong khi lượng nước từ thượng lưu đổ về còn hạn chế. Bên cạnh đó, lượng mưa giảm, lượng nước bị bốc hơi cao cũng là những yếu tố ảnh hưởng đến quá trình xâm nhập mặn. Ngoài những yếu tố tự nhiên thì yếu tố con người cũng góp phần không nhỏ gây ra xâm nhập mặn như khai thác và sử dụng nước ngầm quá mức để đáp ứng nhu cầu phát triển, sản xuất

Nguyên nhân trước hết là phần lớn các tỉnh, thành phố khu vực Đồng bằng sông Cửu Long có cao độ tự nhiên thấp. Đây là điểm yếu dễ bị tổn thương nhất do lũ lụt và xâm nhập mặn.

Tình trạng xây dựng thủy điện và các hoạt động khai thác tài nguyên nước thượng nguồn sông Mekong gây thiếu hụt nguồn nước về hạ lưu, kết hợp với yếu tố nước biển dâng đẩy mặn sâu vào nội đồng.

Theo Quy hoạch tổng thể thủy lợi Đồng bằng sông Cửu Long trong điều kiện biến đổi khí hậu, nước biển dâng giai đoạn 2012-2030, để ứng phó cần khoảng 90.000 tỷ đồng, nhưng trong giai đoạn 2011-2015 chỉ bố trí được khoảng 16.500 tỷ đồng, mới đáp ứng được 40% nhu cầu quy hoạch nên hệ thống thủy lợi toàn vùng chưa được xây dựng hoàn chỉnh.