Sông Cửu Long đem lại nhiều lợi ích cho trồng trọt và thủy sản, nhất là trong mùa lũ. Nguồn cung cấp nước tưới, phù sa và rửa phèn cho đất lúa, cùng với lượng tôm cá dồi dào đã khiến cư dân nơi đây chấp nhận sống chung cùng lũ hơn là đắp đê như ở đồng bằng châu thổ sông Hồng. Nhưng dòng sông cũng gây ra nhiều mặt bất lợi, điển hình là úng ngập thường xuyên trong các tháng mùa mưa, hoặc tình trạng xâm nhập mặn vào mùa khô.

Với lượng tài nguyên dồi dào, sôngcuu longđã đóng góp không ít vào sự phát triển kinh tế và giúp làm tăng trưởng tổng các sản phẩm quốc nội (viết tắt là GDP) của 6 nước nói chung, và của riêng nước ta.

Theo ước tính của các nhà khoa học tại Ủy ban sông cữu long (MRC), riêng ngành thủy sản tại lưu vực hạ nguồn sông cuu longđã mang lại giá trị 17 tỷ USD/năm, đóng góp 3% GDP cho Việt Nam, Campuchia, Lào và Thái Lan.

Tạp chí The Diplomat cho biết đánh giá của MRC dựa trên tổng sản lượng đánh bắt cá hàng năm trên sông Cữu long đạt 4,4 triệu tấn. Con số này khá ấn tượng khi chiếm tới 13% trong tổng giá trị 130 tỷ USD đánh bắt cá trên toàn thế giới được dự báo trong năm 2015.