Chiến tranh Nam - Bắc triều đã gây rất nhiều tai họa cho nhân dân:

- Làng mạc, gia đình li tán, người chết rất nhiều, hàng vạn người bắt đi lính, đi phu. Nhân dân Thanh Hoá già trẻ bồng bế nhau chạy tan tác, kêu khóc đầy đường, chết đói rất nhiều. 

- Mùa màng bị tàn phá nặng nề, nhất ìà những năm có thiên tai lớn. Năm 1572, ở Nghệ An đồng ruộng bỏ hoang, dịch tễ phát sinh, người chết đến quá nửa. 

- Chế độ binh dịch càng đè nặng lên đời sống nhân dân. Thời gian họ Mạc rút lên Cao Bằng, nhân dân vẫn tiếp tục phải đi lính, đi phu, gia đình li tán.