Bởi vì đạo Thiên Chúa có điểm không phù hợp với chính sách cai trị của Trịnh - Nguyễn, đạo thiên Chúa tin rằng còn người là Chúa sinh ra, cũng không đề cao việc thờ cũng tổ tiên, ông bà, xem chúa là bậc cao nhất đại diện đó chính là nhà thờ và cha xứ. Còn chính sách của Trịnh - Nguyễn là đề cao Vua, đống thời Trịnh - Nguyễn cũng sợ những giáo sĩ đó là nội gián vào thu thập thông tin của nước ta để làm cơ sở cho việc tấn công sau này.

Các chúa Trịnh - Nguyễn cấm đạo Thiên Chúa vì trước đó, vào thời nhà Lý chúng ta đã quen với đạo Phật và cho rằng Phật là người đứng đầu trong nhiều năm. Nhưng trong đạo Thiên Chúa, Chúa là người đứng đầu, không khớp với văn hóa nên bị cấm. Ngoài ra, không chỉ có phần này mà còn một số nội dung không khớp với văn hóa của nước ta.