Từ năm 1069 đến năm 1402, trải qua các triều Lý, Trần, Hồ, địa giới của Đại Việt từng bước được mở rộng xuống phía nam. Năm 1428, sau thắng lợi trọn vẹn của cuộc kháng chiến chống Minh, thu hồi toàn bộ lãnh thổ bị quân Minh chiếm đóng, vương triều Lê có điều kiện thúc đẩy nhanh hơn công cuộc nam tiến.

Năm 1471 Lê Thánh Tông mở rộng lãnh thổ của quốc gia Đại Việt cho đến đèo Cù Mông và vùng duyên hải được kéo dài đến Phan Rang. Năm 1490 ông cho hoàn thành bộ Hồng Đức bản đồ, tích hợp tất cả các vùng đất liền và biển đảo vào lãnh thổ Đại Việt và đánh dấu địa danh “Bãi Cát Vàng” (Hoàng Sa), vừa khẳng định sự tiếp nối truyền thống khai thác biển đảo của các vương triều Chămpa trước đây, vừa thể hiện ý chí muốn vươn ra khai chiếm toàn bộ vùng biển đảo quan trọng này.

Chúa Nguyễn Phúc Nguyên đầu thế kỷ XVII phát triển thương cảng Hội An, đẩy mạnh giao thương quốc tế, mở rộng lãnh thổ xuống miền Đông Nam Bộ, đặt ra đội Hoàng Sa khai thác và quản lý khu vực Bãi Cát Vàng và một phần Bãi Cát Dài (Trường Sa hải chử) ở phía nam. Chúa Nguyễn Phúc Chu cuối thế kỷ XVII và đầu thế kỷ XVIII chính thức xác lập quyền quản lý về mặt nhà nước đối với khu vực miền Đông Nam Bộ, lấy Sài Gòn, Gia Định làm trung tâm thu hút các nguồn lực và làm bàn đạp tiến ra chiếm lĩnh các vùng biển đảo ở khu vực nam Biển Đông và vịnh Thái Lan. Năm 1702 quân Anh bất ngờ đánh chiếm đảo Côn Lôn, xây dựng thành căn cứ kiên cố, âm mưu chiếm đóng lâu dài. Tháng 10 năm 1703, Trấn thủ dinh Trấn Biên theo lệnh của chúa Nguyễn Phúc Chu đã đánh đuổi quân Anh ra khỏi Côn Lôn, giành lại chủ quyền biển đảo.

Năm 1708, Mạc Cửu đem toàn bộ vùng đất Hà Tiên dâng cho chúa Nguyễn và được chúa Nguyễn Phúc Chu giao cho chức Tổng binh cai quản trấn Hà Tiên. Năm 1711, Tổng binh trấn Hà Tiên Mạc Cửu được chúa Nguyễn Phúc Chu hậu thưởng và giao cho tổ chức khảo sát đo vẽ quần đảo Trường Sa.
Như vậy đến đầu thế kỷ XVIII, chủ quyền Việt Nam đã mở rộng đến tận Hà Tiên và mũi Cà Mau, bao gồm cả các hải đảo ngoài Biển Đông và vịnh Thái Lan. Lúc này, bên cạnh đội Hoàng Sa trấn giữ các quần đảo giữa Biển Đông, chúa Nguyễn Phúc Chu còn đặt ra đội Bắc Hải (dưới sự kiêm quản của đội Hoàng Sa) có trách nhiệm khai thác hóa vật, kiểm tra, kiểm soát thực thi chủ quyền của Việt Nam ở khu vực “các xứ Bắc Hải, cù lao Côn Lôn và các đảo ở Hà Tiê