Sống hoàn toàn trên cạn nên phổi là cơ quan hô hấp duy nhất của thằn lằn. So với phổi ếch, phổi thằn lằn có cấu tạo phức tạp hơn, có nhiều vách ngăn và mao mạch bao quanh.
Sự thông khí ở phổi (hít, thở) là nhờ sự xuất hiện của các cơ liên sườn. Khi các cơ này co đã làm thay đổi thể tích của lồng ngực.